Chọn giống là nền tảng của toàn bộ quá trình chăn nuôi dê. Chất lượng con giống quyết định trực tiếp đến tốc độ sinh trưởng, khả năng thích nghi với điều kiện nuôi, sức đề kháng, năng suất sinh sản, năng suất sữa, tỷ lệ thịt xẻ cũng như hiệu quả kinh tế của trang trại. Theo nhiều tài liệu chuyên ngành chăn nuôi, yếu tố di truyền có thể quyết định khoảng 40–50% năng suất sản xuất, phần còn lại phụ thuộc vào dinh dưỡng, môi trường và kỹ thuật chăm sóc. Vì vậy, việc lựa chọn đúng giống ngay từ đầu giúp giảm chi phí sản xuất, hạn chế tỷ lệ loại thải và nâng cao giá trị kinh tế lâu dài. Hiện nay, việc đánh giá dê giống tại Việt Nam được thực hiện theo TCVN 9715:2013 – Dê giống, Yêu cầu kỹ thuật, trong đó quy định các chỉ tiêu về ngoại hình, khả năng sinh trưởng, năng suất thịt, năng suất sinh sản và phẩm chất giống đối với dê Bách Thảo và dê Boer. Việc chọn giống cần được thực hiện đồng thời trên nhiều tiêu chí gồm ngoại hình, thể chất, nguồn gốc di truyền, năng suất thực tế và hồ sơ quản lý giống, thay vì chỉ dựa trên kích thước cơ thể hoặc kinh nghiệm quan sát. Ngoài ra, công tác chọn giống còn có ý nghĩa lâu dài trong chương trình cải tạo đàn. Thông qua việc duy trì các cá thể có năng suất cao và loại thải những cá thể có khả năng sinh trưởng hoặc sinh sản kém, chất lượng di truyền của đàn sẽ được cải thiện qua từng thế hệ, góp phần nâng cao hiệu quả sản xuất và giảm nguy cơ phát sinh các bệnh di truyền.